Во первых, оптимизируйте свой сайт. Например переместите статику, на специальные хранилища.
Во вторых, пропустите свой домен, через сервис http://www.cloudflare.com, установите там максимальную защиту, он будет вводить каптчу при атаках, это уничтожит все школо-досы, но настоящие ддосы он не потянет, лучше купите платный аккаунт, а который за 200 баксов не разу не подвел, он выдержал даже то, от чего ложатся целые ДЦ. Как подключить CloudFlare?
В третьих, если уж это не помогло, тогда мы рекомендуем обратиться к этим хостинг-компаниям.
reg.ru на шаред хостинге обещает защиту от ддоса
vdscom.ru — как платная услуга имеется
selectel — у них на выделенных серверах и коло есть услуга
Обязательно попробуйте сервера в OVH.com
Можете еще так же попробовать специализирующие сервисы.
Зарубежный сервис vistnet.com
Копания systemintegra стала предоставлять подобную защиту.